Kemudian selain masalah pelaksanaan pembayaran, terjadi pula kesalahan penganggaran atau peruntukan belanja pegawai yang dinilainya mencapai Rp42.099.837.042,00.
Atas permasalahan belanja pegawai sebesar Rp54.431.686.798,10 tersebut di atas, menurut BPK telah disetor ke Kas Negara sebesar Rp701.352.344,00.